Der Unterschied ist in erster Linie, ob man anwendungsbezogenes oder abstraktes Wissen erlernt, daran hat auch die Aufweichung von Begrifflichkeiten und das Zusammenwerfen als "Hochschulen" in den Hochschulgesetzen der Länder nicht so viel geändert.
Ich habe das sehr stark erfahren dürfen, als ich nach einem (universitären) Bachelor in einem (universitären) Masterprogramm gelandet bin, der (Bologna sei Dank) von lauter FH-Absolventinnen geflutet wurde, die mit ihren an der privat-FH nachgeworfenen Einsen im Zeugnis die universitären Bachelorabsolventen massiv aus dem Masterprogramm verdrängten. Für mich wurde das zu einer riesigen Enttäuschung, wollte ich doch nach dem Bachelor nun im Master so richtig durchstarten - statt dessen landete ich gefühlt wieder in der Schule, wo es nur noch um das Auswendiglernen ging. Mag zu anekdotisch und sehr auf das studierte Fach bezogen sein, aber mich hat das sehr geprägt.